1949年，陈祯禄、朱运兴等人发起的马华公会在吉隆坡正式成立。马华公会的成立，使华人社会可以通过政党形式开展参政活动，为华人在马来亚1963年独立后继续参政打下了良好的基础。

1955年，马华公会获得组阁的权利，马华公会成为执政党之一；朱运兴自1955年至1958年连任内阁副部长，并担任第10、11、12、15、16、17、18届常务主席。

1957年，朱运兴代表政府赴美首次出席第十届联合国大会。1965年，他再次被委派为马来西亚驻联合国代表，同年又代表联邦政府赴日本东京出席联合国文教会议和出席于印度新德里举行的第9届联合国文教会议。

身为马华公会的领袖人物和国会议员，朱运兴既要固守自己的政治主张、做人的社会良知，还要服从党内的意志。1959年，马来西亚各华人政党的联盟发生危机，朱运兴在争取华文教育权益失利后，便退出马华公会，以此明志。

1955年的马来亚时局混乱，英属殖民地马来亚独立运动出现，为了促成国家政治和百姓生计的稳定，朱运兴通过各种渠道，接触到了当时马来亚共产党的宣传主任陈田，促使以陈田为代表的马来亚共产党答应与政府谈判，安排了在马来亚轰动一时的历史事件—— “华玲会谈（Baling）”（1955年12月28-29日），出席谈判的代表有当时代表政府的首席部长东姑阿都拉曼Tunku Abdul Rahman）、马华总会长敦陈祯禄爵士、新加坡首席部长马戴卫马绍尔爵士（David Marshall）和哈密祖末（Hamid Jumat）。马共的代表则为陈平、拉昔迈丁(Rashid Maidin)和陈田。

东姑坚持要马共缴械，走出森林，虽有特赦，不过放下武器的马共人员必须接受调查或受一定时期的拘留；同时完全否定马共可成为合法政党。由于当时联盟政府无法接受马共不用投降字眼等的要求，和谈无疾破裂告终。

1957年，马来亚宣布独立，其制定的《宪法》中规定，只有在当地出生者才能获得公民权。作为马华公会的主要领导人之一，朱运兴带动广大华人团体对此进行坚决的斗争，终于使100多万华人获得了马来西亚国籍和应享有的其它权利。

1959年，48岁的朱运兴在马来西亚政界声誉鹊起，时任马来亚独立后的第一任教育部副部长，但当时的政界排华倾向十分严重，尤其是华人在国会的席位分配不公平和华人子弟就学受到不平等待遇等问题。在1959年7月12日的马华党代表大会上，却变成两派的公开对峙。一派以陈修信为首（后来获得其父陈祯禄的支持），另一派以林苍佑为首。结果在东姑支持陈修信下，林苍佑派一无所有，朱运兴遂退出马华。